公司合併與股權收購作爲兩種不同的法律行爲，存在很重大的區別：
1、主體不同
公司合併是公司間的行爲，主體是參加合併的各公司。公司合併要由參加合併的各公司作出決議，要有合併各方公司簽訂協議。股權收購是收購公司與目標公司的股東之間的交易行爲，主體是收購公司與目標公司股東。協議收購中，收購方要與目標公司的股東訂立協議;要約收購中，收購方要向全體股東發出要約。不論哪種方式，股份的出售者都是目標公司股東。與此相連的是股份收購決策的分散型和交易的困難性。
2、效力不同
公司合併的效力使公司實體發生變化，被並公司解散，喪失法律人格。吸收合併中，被吸收的公司解散，喪失法律人格，併入存續公司。新設合併中，各方都解散，喪失法律人格，新設公司取代合併各公司。
收購的效力使目標公司控股股東發生變化，目標公司本身不發生變化，依然存續。在股權收購中，收購方成爲目標公司的控股股東，目標公司作爲收購方的控股子公司而存在。在整個收購中，收購方成爲目標公司唯一的股東，目標公司作爲收購方的公司而存在。在整個收購中，收購方成爲目標公司的唯一股東，目標公司作爲收購方的全資子公司而存在。
於此相連，權利義務的承擔也不同。公司合併中解散公司的權利義務由合併後存續公司和新設公司承擔，公司收購中，目標公司本身未發生變化，並未喪失法律人格，其權利義務由目標公司自身承擔。
3、性質不同
公司合併須由雙方達成合並協議，是雙方平等協商、資源合作的結果。合併公司與被合併公司處於“友好”關係中。雙方平等自願協商的結果，合併雙方表面上也呈“友好”關係狀態。在股權收購中，收購者與被收購的目標公司的關係就不盡一樣。當被收購公司的管理層對收購響應並積極配合時，收購就成“友好”收購性質。當被收購公司管理層拒絕、阻礙收購時，收購就呈“敵意”收購性質。
4、控制程度不同
公司合併中，被並公司完全併入存續公司或新設公司，後者取得被並公司的全部財產、權利義務，被並公司作爲存續公司、新設公司的一部分而完全受其控制。股權收購中，收購方既可以收購目標公司的全部股份，進而完全控制目標公司，也可以只收購的目標公司50%以上的股份，而取得對目標公司的控制權，實現擁有控制權下的“合資經營”。
5、程序和法律適用不同
公司合併作爲一種法定合併，要嚴格遵守法定程序，包括董事會提出合併方案;股東會對合並做出特別決議;合併雙方簽訂合併協議;實施債權人保護程序;辦理合並登記等。
股權收購則不需要履行上述程序，不須取得目標公司管理層、權力機構的同意，不需要債權人保護程序等。上市公司股權收購主要履行證券法規定的有關程序。採取協議收購方式，收購人依照法律規定同被收購公司的股東簽訂股權轉讓協議，向證券管理部門及證券交易所報告並於公告後，履行收購協議。採取要約收購方式的，收購方持有被收購股份時，應進行報告和公告，持有股份超過30%繼續收購的，則要發出收購要約，在收購要約期限(30-60日)完成收購。非上市公司之間的收購，屬於股東轉讓出資、股份的行爲，使用公司法關於股東轉讓股份、出資的規定。根據我國公司法的規定，有限公司中，股東可以相互轉讓其全部或者部分出資股東向股東以外的人轉讓出資，必須經全體股東大會半數同意;不同意轉讓的股東應當購買該轉讓的出資，若不購買該轉讓的出資，視爲同意轉讓。非上市公司的收購，也要有收購方與目標公司的股東簽訂並履行股權轉讓協議。
